Трансляционная медицина —

путь от фундаментальной

биомедицинской науки в здравоохранение

Приглашаем к сотрудничеству

23-24 ОКТЯБРЯ 2021, МОСКВА, МГУ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА

1-ая научная школа-конференция молодых ученых «Генетика и эпигенетика: механизмы, структура, функция»
О ШКОЛЕ
О нас
Компания «Джей-Ти-Эл Инновейшен Технолоджис» входит в Группу Kомпаний WAYMARK. Она основана в 2011 году с целью изучения свойств и маркетинга минеральных вод медицинского назначения. Природные минеральные источники с водами медицинского назначения изучались в странах Евросоюза и ближнего зарубежья: Испания, Франция, Великобритания, Германия, Швейцария, Италия, Норвегия, Азербайджан, а также Канада и Турция.
С 2018 года основным профилем работы компании «Джей-Ти-Эл Инновейшен Технолоджис» является разработка и содействие разработкам инновационной высокотехнологической продукции и услуг в области биомедицины, что стало возможным благодаря соглашению о научно-техническом сотрудничестве с биологическим факультетом МГУ имени М.В.Ломоносова.

Новый проект с биологическим факультетом МГУ
Официальное письмо от венчурного фонда RBV
Соглашение о совместном участии в проекте с МГУ им Ломоносова
Письмо Агроинтернешнл

Наша миссия

Миссией компании является разработка и содействие разработкам современных технологий в области постгеномной биомедицины, трансляционной медицины, базирующихся на достижениях биоинформатики, технологий BigData, новых материалах (биосовместимых, биоразралагаемых), адресной доставке лекарств. Создание современной коммуникативной среды и интеграция усилий научных работников и инвесторов. А также, экспертная оценка решений.
Основные направления деятельности
Доклинические испытания инновационных лекарственных препаратов, и средств адресной доставки, в том числе противораковых препаратов, направленных на биологический фактор FACT
Новые технологии для трансляционной медицины, включая трехмерные модели in vitro для онкологических заболеваний с использованием матриксов из биосовместимых материалов и методов тканевой инженерии
Биосовместимые и биоразлагаемые материалы, предназначенные для улучшения свойств медицинских изделий и средств доставки лекарств
Биоинформационные технологии, включая технологии BigData для персонифицированной медицины с учетом российских особенностей, эпидемиологии и патогенных факторов:

  • прогноз состояния здоровья, оценка риска различных заболеваний, включая онкологические заболевания

  • прогноз эффективности действия лекарственных препаратов, в частности, противораковых препаратов, направленных на биологический фактор FACT
Совместные проекты
с биологическим факультетом МГУ
Скачать презентацию
Биосовместимые материалы
Как показывает анализ мировой патентной ситуации, последние годы ознаменовались взрывным ростом интереса к принципиально новым наноструктурированным биосовместимым композитным материалам, востребованным в медицинской практике в задачах хирургии или диагностики. Это связано с разработкой новых подходов к выбору наиболее безопасных для организма материалов, с накоплением обширного пласта знаний в области взаимодействия чужеродной материи и организма, с бурным технологическим прогрессом в области методов формирования покрытий и внедрения функциональных включений для привнесения и усиления тех или иных положительных свойств материалов.
Молекулярное моделирование
Рекомендации по работе с программным обеспечением для решения задач молекулярной биоинженерии и нанобиотехнологии

  1. Пакеты для моделирования молекулярной динамики: GROMOS, AMBER, CHARMM и другие.
  2. Потенциалы для молекулярного моделирования: AMBER, CHARMM, Dreiding и другие.
  3. Программное обеспечение для визуализации молекулярной структуры.
  4. Программное обеспечение для анализа биологических последовательностей и соответствующие базы данных (которые, как правило, должны быть установлены установлены на локальном сервере, и требуют периодического обновления).
  5. Базы данных молекулярных структур, - белков и нуклеиновых кислот, а также низкомолекулярных соединений - лекарств, токсинов и т.д. (CSD, NCI)
  6. Программное обеспечение для интерактивного молекулярного моделирования и дизайна.
  7. Программное обеспечение для преобразования 2D химической структуры (структурных формул) в 3D структуры.
  8. Программное обеспечение для вычислительного отбора лигандов.
  9. Комбинаторные библиотеки для молекулярного дизайна.
  10. Программы для моделирования неорганических материалов (Accelrys является единственной компанией в этой области с которой я знаком).
  11. Специализированные программы для моделирования белков по гомологии.
  12. Программное обеспечение для предсказания вторичной структуры белка (альфа-спирали, бета структура).
  13. Все остальные алгоритмы для предсказания структуры белка - например, Розетта Дэвида Бейкера.
  14. Программное обеспечение для визуального программирования (KNIME, Scitegic Pipeline Pilot, но не только; См., например, ссылка).
  15. Другие ресурсы.
Пакеты для моделирования молекулярной динамики и потенциалы для молекулярного моделирования.
GROMOS
Распространяется по уменьшенной цене (400 Евро) для академических пользователей. Требуется заполнить формы на лицензию на сайте ссылка Форматы данных дистрибутивов в основном на магнитной ленте, что может быть неудобно для современных лабораторий. Есть ли возможность скачать GROMOS в электронной форме, или получить его на CD, не ясно (формат CD, указанный на сайте, годится для машин под VAX VMS). Дистрибутив включает исходный код. Про наборы параметров для молекулярных потенциалов на сайте ничего не говорится, но старые версии GROMOS включали параметры по умолчанию.
NAMD
Пакет программ для моделирования молекулярной динамики и анализа результатов. Бесплатно для академических пользователей. Требуется регистрация на сайте, но регистрация формальная. Адрес ссылка Предлагается в большом выборе форматов для разных версий операционных систем UNIX, Linux и Mac OS. Можно получить также исходный код. Наборы параметров надо выбирать отдельно, так как NAMD не имеет своего собственного набора. NAMD работает с параметрами от AMBER, CHARMM, X-PLOR.
CHARMM
Распространяется по уменьшенной цене (600 долларов США) для академических пользователей. Требуется отправить письмо с запросом как описано на сайте http://yuri.harvard.edu/ с описанием предполагаемого использования программы, компьютеров на которых она будет установлена, и обратным адресом. Как получить набор параметров CHARMM отдельно от программ молекулярной динамики, сайт не объясняет. Возможно что их можно запросить у Alex MacKerell (ссылка) В прошлом мои сотрудники получали у него наборы параметров. Я лично не знаком с МакКереллом.
CHARMM
Распространяется по уменьшенной цене (600 долларов США) для академических пользователей. Требуется отправить письмо с запросом как описано на сайте http://yuri.harvard.edu/ с описанием предполагаемого использования программы, компьютеров на которых она будет установлена, и обратным адресом. Как получить набор параметров CHARMM отдельно от программ молекулярной динамики, сайт не объясняет. Возможно что их можно запросить у Alex MacKerell (ссылка) В прошлом мои сотрудники получали у него наборы параметров. Я лично не знаком с МакКереллом.
XPLOR
Программа молекулярной динамики и расчетов кристаллических структур, разработанная Акселом Брюнгером в Гарварде и Йеле. XPLOR – близкий родственник CHARMM, но в отличие от CHARMM он бесплатен для академических организаций. Обращаться на сайт http://atb.csb.yale.edu/xplor/ - потребуется заполнить заявку для получения пароля по электронной почте.
DREIDING, MMFF и другие потенциалы
Потенциал DREIDING разработан Стивеном Майо и Барри Олафсоном в Институте Течнологий штата Калифорния (Калтех). В DREIDING меньше параметров, чем например, в CHARMM, но типы атомов более универсальны, что делает DREIDING более применимым для моделирования молекул лекарственных средств. DREIDING и разнообразные другие потенциалы для молекулярного моделирования представлены в наборе программного обеспечения JChem/Marvin Венгерской компании ChemAxon. Кроме потенциалов, ChemAxon предлагает наборы библиотек для разработки программ по вычислительной химии, программное обеспечение для визуализации молекулярной структуры, интерактивного молекулярного моделирования и дизайна, преобразования 2D химической структуры (структурных формул) в 3D структуры, и т.д. Программы можно загрузить с сайта ссылка, для академических организаций бесплатно (см. условия контракта на сайте ссылка).
Тема:
Молекулярная динамика функционирования калиевого ионного канала (кафедра биоинженерии биологического факультета МГУ, А.К.Шайтан, Г.А.Армеев, К.В.Шайтан).
Тема:
Correlated motions in DNA warped around nucleosome core particle. Illustration - eigenvector.
Список публикаций партнеров в ведущих мировых научных журналах по направлению проекта за 5 лет
1) 2015 Daria A. Gaykalova, Olga I. Kulaeva, Volokh Olesya, Alexey K. Shaytan, Hsieh Fu-Kai, Mikhail P. Kirpichnikov, Olga S. Sokolova, Vasily M. Studitsky. Structural analysis of nucleosomal barrier to transcription. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112(43):E5787– E5795. ссылка

2) 2015 YM Efremov, AA Dokrunova, AV Efremenko, MP Kirpichnikov, KV Shaitan, OS Sokolova. Distinct impact of targeted actin cytoskeleton reorganization on mechanical properties of normal and malignant cells. Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research, 1853(11):3117–3125, ссылка

3) 2015 Yu.M. Efremov, D.V. Bagrov, M.P. Kirpichnikov, K.V. Shaitan. Application of the Johnson–Kendall–Roberts model in AFM-based mechanical measurements on cells and gel. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. 134 (2015) 131-139. ссылка

4) 2014 Marina A. Kasimova, Mounir Tarek, Alexey K. Shaytan, Konstantin V. Shaitan, Lucie Delemotte. Voltage-gated ion channel modulation by lipids: Insights frommolecular dynamics simulations. Biochimica et Biophysica Acta. 1838 (2014) 1322–1331. ссылка

Подробнее
5) 2018 Shaytan AK*, Xiao H, Armeev G, et al. Structural interpretation of DNA-protein hydroxyl-radical footprinting experiments with high resolution using HYDROID Nature Protocols 2018; in press

6) 2018 McCullough LL, Connell Z, Xin H, Studitsky VM, Feofanov AV, Valieva ME, Formosa T. Functional roles of the DNA-binding HMGB domain in the histone chaperone FACT in nucleosome reorganization. J Biol Chem. 2018; 293(16):6121-33. doi: 10.1074/jbc.RA117.000199.

7) 2018 Lyukmanova EN, Bychkov ML, Sharonov GV, Efremenko AV, Shulepko MA, Kulbatskii DS, Shenkarev ZO, Feofanov AV, Dolgikh DA, Kirpichnikov MP. Human secreted proteins SLURP-1 and SLURP-2 control the growth of epithelial cancer cells via interactions with nicotinic acetylcholine receptors. Br J Pharmacol. 2018 175(11):1973-1986. doi: 10.1111/bph.14194.

8) 2018 Alric C., Herve-Aubert K., Aubrey N., Melouk S., Lajoie L., Meme W., Meme S., Courbebaisse Y., Ignatova A., Feofanov A., Chourpa I., Allard-Vannier E. Targeting HER2-breast tumors with scFv-decorated bimodal nanoprobes. J.Nanobiotechnology. 2018, 16(1):18. doi: 10.1186/s12951-018-0341-6.

9) 2017 Xiao H, Wang F*, Wisniewski J*, Shaytan AK*, Ghirlando R, FitzGerald PC, et al. Molecular basis of CENP-C association with the CENP-A nucleosome at yeast centromeres. Genes Dev. 2017; doi:10.1101/gad.304782.117; *-equal contribution

10) 2017 Shaytan AK*, Xiao H*, Armeev GA, Wu C, Landsman D, Panchenko AR. Hydroxyl-radical footprinting combined with molecular modeling identifies unique features of DNA conformation and nucleosome positioning. Nucleic Acids Res.2017;45: 9229–9243. doi:10.1093/nar/gkx616; *-equal contribution

11) 2017 Nizovtseva EV, Clauvelin N, Todolli S, Polikanov YS, Kulaeva OI, Wengrzynek S, Olson WK, Studitsky VM. Nucleosome-free DNA regions differentially affect distant communication in chromatin. Nucleic Acids Res. 2017;45(6):3059-67.. doi: 10.1093/nar/gkw1240.

12) 2017 Valieva ME, Gerasimova NS, Kudryashova KS, Kozlova AL, Kirpichnikov MP, Hu Q, Botuyan MV, Mer G, Feofanov AV, Studitsky VM. Stabilization of Nucleosomes by Histone Tails and by FACT Revealed by spFRET Microscopy. Cancers (Basel). 2017; 9(1): pii: E3. doi: 10.3390/cancers9010003.

13) 2017 Nizovtseva EV, Todolli S, Olson WK, Studitsky VM. Towards quantitative analysis of gene regulation by enhancers. Epigenomics. 2017;9(9):1219-31. doi: 10.2217/epi-2017-0061.

14) 2017 Sultanov DC, Gerasimova NS, Kudryashova KS, Maluchenko NV, Kotova EY, Langelier MF, Pascal JM, Kirpichnikov MP, Feofanov AV, Studitsky VM. Unfolding of core nucleosomes by PARP-1 revealed by spFRET microscopy. AIMS Genet. 2017;4(1):21-31. doi: 10.3934/genet.2017.1.21.

15) 2017 El Kennani S, Adrait A, Shaytan AK, Khochbin S, Bruley C, Panchenko AR, et al. MS_HistoneDB, a manually curated resource for proteomic analysis of human and mouse histones. Epigenetics Chromatin. 2017;10: 2. doi:10.1186/s13072-016-0109-x

16) 2017 Nekrasova OV, Volyntseva AD, Kudryashova KS, Novoseletsky VN, Lyapina EA, Illarionova AV, Yakimov SA, Korolkova YV, Shaitan KV, Kirpichnikov MP, Feofanov AV. Complexes of Peptide Blockers with Kv1.6 Pore Domain: Molecular Modeling and Studies with KcsA-Kv1.6 Channel. J Neuroimmune Pharmacol. 2017; 12(2), 260-276, doi:10.1007/s11481-016-9710-9.

17) 2017 Philipp Orekhov, Arne Bothe, Heinz-Jeurgen Steinhoff, Konstantin V. Shaitan, Stefan Raunser, Dimitrios Fotiadis, Ramona Schlesinger, Johann P. Klare and Martin Engelhard. Sensory Rhodopsin I and Sensory Rhodopsin II Form Trimers of Dimers in Complex with their Cognate Transducers. Photochemistry and Photobiology, 2017, 93: 796–804. DOI: 10.1111/php.12763.

18) 2016 Chang HW, Pandey M, Kulaeva OI, Patel SS, Studitsky VM. Overcoming a nucleosomal barrier to replication. Science advances. 2016;2(11):e1601865. Epub 2016/11/17. doi: 10.1126/sciadv.1601865.

19) 2016 Draizen EJ*, Shaytan AK*, Marino-Ramirez L, Talbert PB, Landsman D, Panchenko AR. HistoneDB 2.0: a histone database with variants--an integrated resource to explore histones and their variants. Database-the Journal of Biological Databases and Curation. 2016;. doi:10.1093/database/baw014; *-equal contribution

20) 2016 Shaytan AK, Armeev GA, Goncearenco A, Zhurkin VB, Landsman D, Panchenko AR. Coupling between Histone Conformations and DNA Geometry in Nucleosomes on a Microsecond Timescale: Atomistic Insights into Nucleosome Functions. J Mol Biol. 2016;428: 221–237. doi:10.1016/j.jmb.2015.12.004

21) 2016 Valieva ME, Armeev GA, Kudryashova KS, Gerasimova NS, Shaytan AK, Kulaeva OI, et al. Large-scale ATP-independent nucleosome unfolding by a histone chaperone. Nature Struct Mol Biol. 2016; 23: 1111–1116. doi:10.1038/nsmb.3321

22) 2016 Gerasimova NS, Pestov NA, Kulaeva OI, Clark DJ, Studitsky VM. Transcription-induced DNA supercoiling: New roles of intranucleosomal DNA loops in DNA repair and transcription. Transcription. 2016;7(3):91-5.. doi: 10.1080/21541264.2016.1182240.

23) 2016 Tatiana B. Stanishneva-Konovalova, Charlotte F. Kelley, T. L. Eskin, Emily M. Messelaar, S. A. Wasserman, Olga S. Sokolova, and Avital A. Rodal. Coordinated autoinhibition of f-bar domain membrane binding and wasp activation by nervous wreck. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 113(38):E5552–E5561,.

24) 2015 Pestov NA, Gerasimova NS, Kulaeva OI, Studitsky VM. Structure of transcribed chromatin is a sensor of DNA damage. Science advances. 2015;1(6):e1500021. doi: 10.1126/sciadv.1500021.

25) 2015 Shaytan AK, Landsman D, Panchenko AR. Nucleosome adaptability conferred by sequence and structural variations in histone H2A–H2B dimers. Curr Opin Struct Biol. Elsevier; 2015;32C: 48–57. doi:10.1016/j.sbi.2015.02.004

26) 2015 Kulaeva OI, Studitsky VM. Preparation and analysis of positioned mononucleosomes. Chromatin Protocols: Third Edition 2015. p. 15-26.

27) 2015 Hsieh FK, Kulaeva OI, Studitsky VM. Experimental analysis of hFACT action during Pol II transcription in vitro. Methods Mol Biol. 2015;1276:315-26. doi: 10.1007/978-1-4939-2392-2_19.

28) 2015 Clauvelin N, Lo P, Kulaeva OI, Nizovtseva EV, Diaz-Montes J, Zola J, Parashar M, Studitsky VM, Olson WK. Nucleosome positioning and composition modulate in silico chromatin flexibility. Journal of physics Condensed matter : an Institute of Physics journal. 2015;27(6):064112.. doi: 10.1088/0953-8984/27/6/064112.

29) 2015 Charlotte F. Kelley, Emily M. Messelaar, Tania L. Eskin, Shiyu Wang, Kangkang Song, Kalanit Vishnia, Agata N. Becalska, Oleg Shupliakov, Michael Francis Hagan, Dganit Danino, Olga S. Sokolova, Daniela Nicastro, and Avital Rodal. Membrane charge directs the outcome of f-bar domain lipid binding and autoregulation. Cell reports, 13:1–13.

30) 2015 Philipp S. Orekhov, Daniel Klose, Armen Y. Mulkidjanian, Konstantin V. Shaitan, Martin Engelhard, Johann P. Klare, Heinz-Jürgen Steinhoff, Signaling and Adaptation Modulate the Dynamics of the Photosensoric Complex of Natronomonas pharaonis. PLOS Computational Biology. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004561.

31) 2014 Chang HW, Kulaeva OI, Shaytan AK, Kibanov M, Kuznedelov K, Severinov KV, Kirpichnikov MP, Clark DJ, Studitsky VM. Analysis of the mechanism of nucleosome survival during transcription. Nucleic Acids Res. 2014;42(3):1619-27. doi: 10.1093/nar/gkt1120.

32) 2014 Nishi H, Shaytan A, Panchenko AR. Physicochemical mechanisms of protein regulation by phosphorylation. Front Genet. 2014;5: 270. doi:10.3389/fgene.2014.00270

33) 2014 S. Jansen, A. Collins, L. Golden, O. Sokolova, and B. L. Goode. Structure and mechanism of mouse cyclase-associated protein (cap1) in regulating actin dynamics. Journal of Biological Chemistry, 289:30732–30742.

34) 2013 Kyrchanova O, Maksimenko O, Stakhov V, Ivlieva T, Parshikov A, Studitsky VM, Georgiev P. Effective blocking of the white enhancer requires cooperation between two main mechanisms suggested for the insulator function. PLoS Genet. 2013; 9(7):e1003606.. doi: 10.1371/journal.pgen.1003606. PubMed PMID: 23861668.

35) 2013 Kulaeva OI, Hsieh FK, Chang HW, Luse DS, Studitsky VM. Mechanism of transcription through a nucleosome by RNA polymerase II. Biochim Biophys Acta. 2013;1829(1):76-83. doi: 10.1016/j.bbagrm.2012.08.015.

36) 2013 Hsieh FK, Kulaeva OI, Patel SS, Dyer PN, Luger K, Reinberg D, Studitsky VM. Histone chaperone FACT action during transcription through chromatin by RNA polymerase II. Proc Natl Acad Sci USA. 2013;110(19):7654-9. doi: 10.1073/pnas.1222198110.

37) 2013 Erokhin M, Davydova A, Parshikov A, Studitsky VM, Georgiev P, Chetverina D. Transcription through enhancers suppresses their activity in Drosophila. Epigenetics Chromatin. 2013;6(1):31. doi: 10.1186/1756-8935-6-31.

38) 2013 Yolamanova M, Meier C, Shaytan AK, Vas V, Bertoncini CW, Arnold F, et al. Peptide nanofibrils boost retroviral gene transfer and provide a rapid means for concentrating viruses. Nat Nanotechnol. 2013;8: 130–136. doi:10.1038/nnano.2012.248

39) 2013 EL Paley, G. Perry, O. Sokolova. Tryptamine induces axonopathy and mitochondriopathy mimicking neurodegenerative diseases via tryptophanyl-tRNA deficiency. Current Alzheimer Research, 10(9):987 – 1004 –1004.

40) 2013 A. N. Becalska, C. F. Kelley, C. Berciu, T. B. Stanishneva-Konovalova, X. Fu, S. Wang, O. S. Sokolova, D. Nicastro, and A. A. Rodal. Formation of membrane ridges and scallops by the f-bar protein nervous wreck. Molecular Biology of the Cell, 24(15):2406–2418,.

41) 2013 C. A. Ydenberg, S. B. Padrick, M. O. Sweeney, M. Gandhi, O. Sokolova, and B. L. Goode. Gmf severs actin-arp2/3 complex branch junctions by a cofilin-like mechanism. Current Biology, 23(12):1037–1045,.

42) 2013 F. Chaudhry, D. Breitsprecher, K. Little, G. Sharov, O. Sokolova, and B. L. Goode. Srv2/cyclase-associated protein forms hexameric shurikens that directly catalyze actin filament severing by cofilin. Molecular Biology of the Cell, 24(1):31–41,

43) 2013 Yu M. Efremov, A. A. Dokrunova, D. V. Bagrov, K. S. Kudryashova, O. S. Sokolova, and K. V. Shaitan. The effects of confluency on cell mechanical properties. Journal of Biomechanics, 46:1081–1087.

Приглашаем к сотрудничеству
Компания "Джей-Ти-Эл Инновейшен Технолоджис" и биологический факультет МГУ им. Ломоносова приглашаем заинтересованные стороны, а также специалистов в области биомедицины к долгосрочному сотрудничеству.
Смотреть соглашение
Отправить заявку
Мы находимся:
119296, г. Москва,Университетский пр-кт, д. 5, пом. 35
Адрес партнера:
Биологический факультет МГУ, 119234,
г. Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12
Адрес партнера в США:
Владимир А. Макаров Консалтинг , США, 91320, Калифорния, г. Таузанад Оакс, Линн Оакс Авеню, д 186"
Свяжитесь с нами:
+7 (495) 939-23-74
info@jtlit.ru
office@Jtlit.ru